Dalam PKBN2K ini terkandung 12 nilai Kristiani yang diharapkan dapat terpancar dalam diri segenap civitas akademika BPK PENABUR. Kedua belas nilai Kristiani tersebut adalah:
- Keberanian
- Rendah Hati
- Kebaikan
- Kesetiaan
- Kejujuran
- Ketaatan
- Ketekunan
- Kepedulian
- Pengorbanan
- Penguasaan Diri
- Sabar
- Murah Hati
Untuk menanamkan kedua belas nilai ini, sekolah melakukan program yang diterapkan yaitu antara lain: 5S (senyum, salam, sapa, sopan, santun),
